微波消融术主要通过热作用破坏肿瘤，从而使肿瘤坏死，弊端包括术后疼痛、并发症、复发等。
1、术后疼痛：微波消融术术后可能会出现轻度至中度疼痛。这种疼痛通常可以通过口服镇痛药（布洛芬、对乙酰氨基酚）和静脉输液缓解。但是对于一些患者来说，疼痛可能会持续数周，严重影响生活质量。
2、并发症：包括感染、肝功能异常、出血和胆道损伤等。感染是最常见的并发症之一，需要及时诊治以避免严重后果。肝功能异常可能导致黄疸、恶心、呕吐等症状，需要密切监测。
3、复发：微波消融术可以摧毁癌细胞，但并不能保证所有的癌细胞都被消灭。因此，复发是微波消融术的一种常见问题。即使手术后患者进行了放疗或化疗等治疗，仍然可能会出现复发的情况。
此外，微波消融术还可能会引起出血，尤其是在患者肝功能较差、血小板减少或使用抗凝剂的情况下，大量出血可能会危及生命，需要紧急处理。
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子宫肌瘤消融术是在局部高温下将肿瘤的细胞杀死，使机体吸收，但肌瘤对于有生育要求的病人一般不主张，因为手术后子宫肌壁的愈合不一定好，再次怀孕时容易形成子宫破裂。一般是在超声的引导定位下射频消融的刀头直接深入到子宫肌瘤瘤体之中，在交流电的作用下让肿瘤细胞脱水，细胞内的蛋白变性，细胞凝固、坏死，之后逐渐被机体吸收、排出，达到不用开刀也能治疗子宫肌瘤的目的。微波消融术主要是将体外低能量的微波聚焦于体内病变子宫肌瘤的瘤体上，通过一系列的共同机制使瘤体组织内温度升高，引起蛋白质的变性坏死，组织脱水凝固，缩小，最后慢慢消失，从而达到杀灭瘤体目的的一种技术。
甲状腺消融手术，主要的危害就是局部的感染、水肿，甚至出血，另外还容易出现喉返神经和喉上神经损伤，有部分患者会出现甲状旁腺损伤。甲状腺的消融，主要是通过射频会造成局部的温度很高，因为高温会造成周围组织的热传导损伤，而且甲状腺离血管、神经都相对比较近，所以不能消融太大的结节。如果患者的甲状腺结节为恶性，小于0。5cm以内的微小乳头状癌，也可以进行微波消融治疗，会受到很好的效果。
甲状腺结节微波消融术，主要是针对甲状腺较小的结节，均为良性的结节。对于较大的甲状腺结节，结节病理穿刺检测是良性，可以考虑微波消融术，但是其治疗的指针相对较严，多建议采用甲状腺手术的方法更为妥当。现在分级属于4A级，首先需要行细针穿刺活检，通过病理确诊是否属于恶性或者良性肿瘤，如果确诊为恶性肿瘤，则不建议行微波消融术，而需要积极行甲状腺癌根治术，术后配合进行碘131等治疗，如果病理确诊为属于良性，则可以考虑行微波消融术。
